在企业合并过程中，通常合并方为盈利企业，并且净资产的公允价值较大，而被合并方可能是亏损企业，其净资产的公允价值相对较小，甚至为零或为负数。如果采取一般思路进行合并（假设选择特殊性税务处理），那么被合并企业的亏损弥补，将会受到净资产公允价值的限制，在很多情况下，被合并企业的亏损很难在税前得到全额弥补。
　　
　　案例
　　
　　2015年1月1日（企业合并日）A公司吸收合并B公司。B公司2012年亏损2000万元，2013年亏损2000万元，2014年亏损4000万元，合计可在企业所得税前弥补的亏损为8000万元。合并日B公司全部资产的公允价值为30000万元，账面价值和计税成本均为23000万元，全部负债的公允价值、账面价值和计税成本均为30000万元，净资产的公允价值约为0。合并过程中，A公司对B公司原股东给予少量、象征性股权支付（远远低于B公司原股东原持有股权的计税成本），非股权支付额为0。合并后，B公司不改变实质性经营活动，且B公司原股东12个月内不转让合并过程中取得的新股权。2015年度起，3年内A公司每年弥补亏损前的企业所得税应纳税所得额约为5000万元。为便于分析，假设不考虑企业所得税以外的其他税费。
　　
　　特殊性税务处理与一般性税务处理的比较
　　
　　（一）特殊性税务处理
　　
　　根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定，企业合并适用特殊性税务处理需要同时满足以下五个条件：①具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；②企业合并后的连续12个月内不改变合并资产原来的实质性经营活动；③企业合并中取得股权支付的原主要股东，在合并后连续12个月内，不得转让所取得的股权；④企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%（同一控制下，且不需要支付对价的企业合并不受此比例限制）；⑤合并企业必须整体取得被合并企业的全部资产和负债。
　　
　　本案例中，A公司吸收B公司完全符合上述条件，因此有权选择适用特殊性税务处理。
　　
　　如果A公司吸收合并B公司，选择特殊性税务处理，根据财税〔2009〕59号文件规定，A公司接受B公司资产和负债的计税基础，以B公司原有计税基础确定。B公司合并前的相关所得税事项由合并企业承继。B公司亏损可由A公司弥补的限额＝B公司净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的长期限的国债利率，因为合并日B公司净资产为0，因此B公司亏损在合并后理论上不能由A公司弥补。B公司原股东取得合并后A公司股权（新股）的计税基础，以其原持有股权（旧股）的计税基础确定。
　　
　　（二）一般性税务处理
　　
　　根据财税〔2009〕59号文件规定，特殊性税务处理具有可选择性，符合特殊性税务处理的企业重组行为在任何情形下都可放弃特殊性税务处理，即选择一般性税务处理。假设A公司吸收合并B公司选择一般性税务处理，B公司应确认清算所得：30000－23000＝7000（万元），清算所得可全部用于弥补亏损，B公司剩余1000万元亏损不得结转到A公司继续弥补。B公司股东应按清算进行所得税处理，但因为其收回金额远远小于计税成本，因此不存在应缴所得税。A公司应按公允价值确定接受B公司的各项资产和负债的计税基础。
　　
　　（三）税负比较
　　
　　特殊性税务处理的优势主要在于递延纳税和弥补亏损，即B公司及其股东不需要确认清算所得缴纳所得税，B公司亏损理论上可结转到A公司延续弥补。但是在本案例中，上述优势并不存在：第一，B公司的清算所得可以全部用于弥补亏损，不需要负担企业所得税；第二，B公司股东的清算收入小于其持有股权的计税成本，也不需要负担所得税；第三，B公司结转A公司弥补的亏损受到其净资产公允价值的限制，实际上无法弥补。
　　
　　一般性税务处理的优势在于可以按公允价值确认资产的计税成本。选择一般性税务处理，A公司取得B公司资产的计税基础为30000万元，选择特殊性税务处理，A公司取得B公司资产的计税基础为23000万元，很明显，一般性税务处理未来可能比特殊性税务处理少负担企业所得税：（30000－23000）×25%＝1750（万元）。
　　
　　企业合并方案的优化调整
　　
　　从财税〔2009〕59号文件可以看出，在企业合并过程中，亏损弥补受到限制的是被合并企业，而在吸收合并过程中对合并企业并不存在亏损弥补的限制。
　　
　　因此，如果本案例采用由B公司吸收合并A公司方式，并且选择特殊性税务处理，那么B公司8000万元的亏损在合并后两个年度内，就可以全额在税前得到弥补，理论上可少负担企业所得税：8000×25%＝2000（万元）。
　　
　　建议
　　
　　有观点认为，亏损企业一般不具有吸收合并盈利企业的实力和可能，事实上这种观点存在误区。很多吸收合并行为几乎都采取股权支付（例如增发），与合并企业的资金实力无关，即使需要现金支付，也可以通过借贷的方式完成。因此，亏损企业吸收合并盈利企业、小企业吸收合并大企业在理论上是完全可行的。亏损企业吸收合并盈利企业在实践中并不罕见。许多亏损严重的上市公司，通过增发的方式吸收合并了拥有优质资产，并且盈利能力强的非上市公司，从另一角度可以看成非上市公司借壳上市。